赔偿责任不同：工伤保险基金可以承担大部分的工伤赔偿责任，但仍有部分工伤赔偿责任需要用人单位自身承担（包括误工费及五到十级伤残的一次性伤残就业补助金），雇主责任险可以赔偿雇主对雇员依法应承担的经济赔偿责任，可以免除雇主后顾之忧。

用人单位申领工伤保险金的次数同时也反映该用人单位的劳动安全状况，可能会招致相应的行政处罚。雇主责任险赔偿与劳动安全记录无关，且理赔程序相较工伤保险基金申领程序简单、快捷。